工程发票需要缴纳的税种主要包括以下几种：
增值税
一般纳税人企业增值税征收率为3%（即销项税额减去进项税额的差额），一般情况是按月度申报，目前没有增值税税收优惠政策。一般纳税人可以对外开具增值税专用发票和增值税普通发票，材料销售类增值税发票票面税率为13%，工程施工类增值税发票票面税率为9%，增值税专用发票可以抵扣，增值税普通发票不可以抵扣。
小规模纳税人增值税税率为3%，一般情况是按季度申报纳税。小规模纳税人一般对外开具增值税普通发票，该发票不能用于抵扣进项税额。目前国家给与小规模纳税人企业增值税税收优惠，暂时减按1%征收率计算缴纳增值税。如果客户要求开具增值税专用发票也是可以的，该发票可以用于抵扣进项税额，但不享受免税政策。如果工程在外地（跨地市、跨省）的，需要办理《跨区域涉税事项报告》并在工程所在地全额预交税款。
消费税
一般建筑工程的发票，需要缴纳增值税、消费税，以及企业所得税之和为13%。
企业所得税
一般纳税人企业按季度预交申报，年底汇算清缴，税率为25%。如果工程企业属于小微企业的，目前国家给与小微企业企业所得税税收优惠。小微企业年应纳税所得额不超过100万元的部分，减按25%计入应纳税所得额，并按20%的税率缴纳企业所得税；年应纳税所得额超过100万元的部分正常缴纳企业所得税。
印花税
建设工程合同应按价款的0.3‰计征。
城市维护建设税
根据缴纳的增值税额来计算，税率按照工程所在地的城乡类型不同分别确定税率，市区为增值税额的7%，乡镇为增值税额的5%，其他为增值税额的1%。
教育费附加和地方教育费附加
教育费附加按营业税（或增值税）计算缴纳，税率3%。地方教育费附加按营业税额的1%征收。
个人所得税
个人承包工程需要缴纳个人所得税，税率1%。
此外，有些地区可能还会收取防洪基金，其金额与印花税相近，具体税率由各地地方税务局制定，但一般不超过万分之五。
建议在实际操作中，根据具体的业务类型、企业规模以及工程所在地的政策，详细咨询当地税务局以获取准确的税率和应缴税额。
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