付清款后需要盖的章 取决于具体的业务需求和文件类型。以下是几种常见情况下的盖章要求：
报销单或付款申请单
出纳已付款付讫章应该盖在报销单或者付款申请单的最下方，表明付款已经完成。
现金付款业务
出纳支付款项后，需要加盖“现金付讫”印章，以避免重复付款。有关人员如制单、审核、出纳、记账、会计主管也需要签章。
税务相关文件
给税务局的付款证明，应使用公章，以证明付款的效力。
付款的税单（类似贷记凭证）需要盖财务章和法人章。
一般业务文件
结算单上可以盖财务章，也可以盖公章，但不能盖合同章。法律规定，现金付讫章不是公章，只能用于跟现金有关的业务资料注解。
重要财务文件存档
对于重要财务文件，建议存档放在公司内网的文档库中，也可以考虑建立纸质档案，把文件复印件存放在档案室，存档完成后要做好内部档案管理，以保证文件安全。
综上所述，付清款后盖的章可能是“现金付讫”章、财务章或公章，具体使用哪种章应根据业务类型和文件要求来确定。
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