法院行政庭面临一些问题和挑战，导致其工作效果不佳，主要原因可以归纳为以下几点：
司法理念和审判质效方面
部分行政审判干警未能牢固树立能动司法理念，对公正与效率的理解不到位，机械审判、就案办案的情形时有发生，实质化解行政争议的意识不强。
对监督与支持的关系理解不准，对起诉条件的释明引导不够，法院自行调查取证较少，部分案件判项不够明确具体，实质化解力度不够，裁判文书说理不足，上级法院对下监督职能发挥不够，司法建议工作质效不高等。
行政审判体制机制方面
部分法院在立案阶段未能针对起诉条件进行合理甄别，使得较大数量不符合起诉条件的行政争议进入诉讼程序。
部分领域执法与司法标准不统一，导致当事人质疑裁判结果的公正性。
原有考核机制更加侧重于结案量和结案率，对实质化解行政争议的“指挥棒”作用不明显。
高院、集中管辖法院“案多人少”与非集中管辖法院“案少人弱”矛盾并存，多数集中管辖法院存在“案件集中易法官集中难”问题。
部分法院行政庭被撤并，行政审判骨干流失，专业性退化明显。
当事人自身因素
少数地区仍然不同程度存在地方不当干预。
部分行政机关对协调化解行政争议的积极性不高，更愿由法院作出裁判，而在法院判决败诉后又多选择上诉、申诉。
行政机关“一把手”出庭应诉率低、负责人“出庭不出声”现象较为普遍。
少数原告因诉讼结果未达预期，转而对关联行为反复、大量提起行政诉讼。
部分律师存在不当引导、空头允诺和鼓动诉讼等问题。
综上所述，法院行政庭在司法理念、审判质效、体制机制以及当事人因素等方面均存在不足和挑战，这些问题严重影响了行政审判的公正性、效率和专业性，亟待进一步改进和完善。
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