在处理装修瑕疵扣款问题时，以下是一些关键步骤和注意事项：确认合同中关于装修尾款、违约责任和扣款条款的具体内容。审查装修成果是否符合合同要求，是否存在质量问题。如果存在装修质量瑕疵、未按时完工或材料不符等问题，可以根据合同条款扣除相应的款项。